ふつう、CtrlはAの横にあるよね。
JISのキーボードだとAの横にCapsLockがあって変なので直さなければ。

Windowsで正しい配列にするには、
https://technet.microsoft.com/ja-jp/sysinternals/bb897578
で、Ctrl2cap.zipをダウンロードして展開し実行する。
(管理者権限でcommand.comを起動し、ctrl2cap.exe /installを実行する)

UBUNTUの場合は、下を実行すればよいらしい。（まだやっていない）
dconf reset /org/gnome/settings-daemon/plugins/keyboard/active
dconf write /org/gnome/desktop/input-sources/xkb-options “[‘ctrl:swapcaps’]”